Studi Filogenetik Gen Penyandi G Studi Filogenetik Gen Penyandi Glikoprotein Virus CyHV-3 Pada Ikan Koi Di Beberapa Daerah Jawa Timur
Downloads
Virus Cyprinid Herpesvirus 3 (CyHV-3) merupakan salah satu penyebab infeksi akut penyebab kematian pada ikan koi. Genom CyHV-3 mengkode lima keluarga gen:ORF2, reseptor tumor necrosis factor (TNFR), ORF22,ORF25, dan RING. Dalam pemantauan Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Surabaya I tahun 2015 ditemukan penyakit Koi Herpesvirus di beberapa daerah di Jawa Timur yaitu Malang, Madiun, Kediri dan Blitar. Sampel yang berupa ikan koi dilakukan deteksi terhadap CyHV-3 dengan metode PCR,setelah dipastikan positif terhadap virus CyHV-3, dilakukan PCR kembali pada isolat DNA dengan menggunakan primer spesifik terhadap gen penyandi glikoprotein (ORF25),selanjutnya disekuensing menggunakan metode direct sequencing sehingga diketahui sekuen nukleotida. Sekuen nukleotida selanjutnya diterjemahkan dalam bentuk asam amino. Hasil sekuen nukleotida dan asam amino di alignment menggunakan program GENETYX ver 10, serta dilanjutkan analisa filogenetik. Hasil pohon filogenetik pada gen ORF25 menunjukkan isolat Jawa Timur (Malang, Madiun, Kediri dan Blitar,) dekat kekerabatannya dengan isolat China (KP004892), Jepang (AP008984) dan Korea (JQ308816) daripada dengan isolat Amerika (NC_009127.1) dan Israel (DQ177346). Pada penelitian ini dapat disimpulkan bahwa isolat CyHV-3Jawa Timur (Malang, Madiun, Kediri dan Blitar) memiliki homologi dan tingkat kekerabatan yang tinggi pada sekuen nukleotida dan asam amino dan diindikasikan berasal dari China, sehingga gen ORF25pada isolat tersebut dapat diketahui untuk mengidentifikasi asal muasal penyakit dan menentukan kebijakan sehingga dapat segera dicegah/dikendalikan penyakit KHV pada ikan koi.
Anonimous. 2012. Fisiologi Ikan Koi.
Online. https://zonaikan.wordpress.com/2012/07/01/fisiologi-ikan-koi/.
Aoki, T., Hirono, I., Kurokawa, K., Fukuda, Nahary, R., Eldar, A., Davison, A.J., Waltzek, T.B., Bercovier, H., and Hendrick, R.P. 2007. Genome Sequences of Three Koi herpesvirus Isolates Representing the Expanding Distribution of an Emerging Disease Threatening Koi and Common Carp Worldwide. J.Virol, 81, 5058-5056.
Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas I Surabaya I. 2015. Laporan Pemantauan Tahun 2015. Surabaya
Balai Uji Standar, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan. 2011. Metode Standar Penggunaan Squencer ABI 3130. Jakarta.
Bercovier, Y. Fishman, R. Nahary, S. Sinai, A. Zlotkin, M. Eyngor, O. Gilad, A. Eldar, R.P. Hedrick. 2005.Cloning of the koi herpesvirus (KHV) gene encoding thymidine kinase and its use for a highly sensitive PCR based diagnosis. BMC Microbiol., 5, pp. 13–22
Dishon A, M. Davidovich, M. Ilouze, M. Kotler. 2007. Persistence of cyprinid herpesvirus 3 in infected cultured carp cells. J. Virol., 9, pp. 4828–4836
Fusianto, Cahya Kurnia. 2013. Kloning Gen, Ekspresi dan Purifikasi Protein ORF25 Koi herpesvirus Sebagai Kandidat Vaksin. Tesis UGM.
Gotesman M, Soliman H, El-Matbouli M. 2013. Antibody screening identifies 78 putative host proteins involved in Cyprinid herpesvirus 3 infection or propagation in common carp, Cyprinus carpio L. J Fish Dis 2013, 36:721–733.
Gray, W.L., Mullis, L., Lapatra, S.E., Groff, J.M. & Goodwin, A. 2002. Detection of koi herpesvirus DNA in tissues of infected fish. Journal of Fish Diseases. Vol. 25, 171–178.
Han, J.E., Kim, J.H., Renault, T., Casiano Jr., C., Shin, S.P., Jun, J.W. and Park, S.C. 2013. Identifying the Viral Genes Encoding Envelope Glycoproteins for Differentiation of Cyprinid herpesvirus 3 Isolates. Viruses. 5, 568-576.
Hedrick, R.P., Marty, G.D., Nordhausen, R.W., Kebus, M., Bercovier, H., Eldar, A. 1999. A herpesvirus associated with mass mortality of juvenile and adult koi, Cyprinus carpio. Fish Health Newsletter. Fish Health Section. American Fisheries Society 27:7.
Hendrianto, Eryk. 2013. Stabilitas Gen Pengkode Protein Envelope (E) Virus Dengue Serotipe 1 Sebagai Kandidat Vaksin Isolat Indonesia. Surabaya. Tesis. Magister Biologi Fakultas Sains Dan Teknologi Universitas Airlangga.
Hutoran, M., Ronen, A., Perelberg, A., Ilouze, M., Dishon, A., Bejerano, I., Chen, N. & Kotler, M. 2005. Description of an as yet unclassified DNA virus from diseased Cyprinus carpio species. J. Virol., 79, 1983–1991.
Kepmen Kelautan dan Perikanan. 2013. Kep.26/Men/2013. Tentang Penetapan Jenis-jenis Hama dan Penyakit Ikan Karantina, Golongan, Media Pembawa dan Sebarannya.
Michel, B., Leroy, B., Stalin Raj, V., Lieffrig, F., Mast, J., Wattiez, R. , Vanderplasschen, A.F., and Costes, B. 2010. The Genome of Cyprinid 68 Herpesvirus 3 Encodes 40 Proteins Incorporated in Mature Virions, J. Gen Virol,91, 452-462.
Murwantoko. 2009. Cloning ORF2 Membrane Protein of Koi herpesvirus Lake Toba, Indonesian Isolate, HAYATI Journal of Biosciences, 16, 49-53.
Nelson , D.L and Cox, M.M. 2008, Lehninger Principles of. Biochemistry. Fourth
Edition. New York: Macmillan co ltd, Pp 10-15.
Office International des Epizooties (OIE). 2012. Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animal. Office International des Epizooties.
Ouyang P, Rakus K, Boutier M, Reschner A, Leroy B, Ronsmans M, Fournier G, Scohy S, Costes B, Wattiez R, Vanderplasschen A. 2013. The IL-10 homologue encoded by cyprinid herpesvirus 3 is essential neither for viral replication in vitro nor for virulence in vivo. Vet Res 2013, 44:53.
Perelberg, A., Smirnov, M., Hutoran, M., Diamant, A., Bejerano, Y., Kotler, M. 2003. Epidemiological Description of A new Viral Disease Afflicting Cultured Cyprinus carpio in Israel.
Pikarsky E., Ronen A., Abramowitz J., Jevavi-sivan B., Hutoran M., Shapira Y., Steinitz M., Perelberg A., Soffer D. and Kotler M. 2004. Pathogenesis of acute viral disease induced in fish by carp interstitial nephritis and gill necrosis virus. J. Virol., 78, 9544–9551.
Pusat Karantina Ikan. 2010. Pengambilan Contoh Media Pembawa Hidup Air Tawar/Payau/.Laut. Penerbit Puskari. Jakarta
Pusat Karantina Ikan. 2008. Metode Standar Pemeriksaan HPIK Golongan Virus Koi Herpesvirus (KHV). Penerbit Puskari. Jakarta.
Rahmawati, Zulfa, Uun Y., Diana A. 2016. Analisis Histopatologi Otot Ikan Mas (Cyprinus carpio) yang terinfeksi Koi Herpesvirus (KHV) pada kolam pemeliharaan Ikan Mas. Prosiding Seminar Nasional Kelautan 2016. Universitas Trunojoyo. Madura
Rakus K., I. Irnazarow, M. Adamek, L. Palmeira, Y. Kawana, I. Hirono, H. Kondo, M. Matras, D. Steinhagen, B. Flasz, G. Brogden, A. Vanderplasschen, T. Aoki. 2012. Gene expression analysis of common carp (Cyprinus carpio L.) lines during Cyprinid herpesvirus 3 infection yields insights into differential immune responses. Dev. Comp. Immunol., 37, pp. 65–76.
Rakus K., P. Ouyang, M. Boutier, M. Ronsmans, A. Reschner, A. Vancsok, J. Jazowiecka-Rakus and A. Vanderplasschen. 2013. Cyprinid herpesvirus 3: an interesting virus for applied and fundamental research. Veterinary Research 2013, 44:85.
Ronen, A. Perelberg, J. Abramowitz, M. Hutoran, S. Tinman, Y. Bejerano, M. Steinitz, M. Kotler. 2003. Efficient vaccine against the virus causing a lethal disease in cultured Cyprinus carpio. Vaccine, 21, pp. 4677–4684.
Rosenkranz D, Klupp BG, Teifke JP, Granzow H, Fichtner D, Mettenleiter TC, Fuchs W. 2008. Identification of envelope protein pORF81 of koi herpesvirus. J Gen Virol 2008, 89:896–900.
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T. 1989. Molecular Cloning: a Laboratory Manual. 2nd ed. N.Y., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Sunarto, A., Mc Coll, K. A., Crane, M. St. J., Sumiati, T. , Hyatt, A. D., Barnes, A. C., and Walker, P. J., 2011, Isolation and Char acterization of Koi herpesvirus (KHV) from Indonesia: Identification of a New Genetic Lineage, Fish Dis J., 34, 87- 101.
Sunarto, A., Rukyani, A., Cameron, A., and Subasinghe, R. 2004. Outbreak of Disease Causing Mass Mortality in Koi and Common Carp in Indonesia. Workshop on Koi Herpesvirus. London.
Wahidi, Budi Rianto. 2013. Analisis Filogenetik Gen Thymidin Kinase Koi Herpesvirus (KHV) Beberapa Ikan Air Tawar di Sentra Budidaya Provinsi Jawa Timur. Tesis. Program Pascasarjana. Universitas Airlangga. Surabaya.
Walker, J.P., 2000. Molecular epidemiology of viral infection. CSIRO Tropical Agriculture, Indrooroopilly, Queensland, Australia.
Waltzek T.B., Kelley G.O., Stone D.M., Way K., Hanson L., Fukuda H., Hirono I., Aoki T., Davison A.J. & Hedrick R.P. 2005. Koi herpesvirus represents a third cyprinid herpesvirus (CyHV-3) in the family Herpesviridae. J. Gen. Virol.,86,1659–1667.
Yuasa K., Sano M., Kurita J., Ito T. & Iida T. 2005. Improvement of a PCR method with the Sph 1–5 primer set for the detection of koi herpesvirus (KHV). Fish Pathol., 40, 37–39.
Yusuf, K. Z. 2010. POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) . Saintek Vol 5, No 6. Universitas Negeri Gorontalo.
Yuwono, T. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Andi Offset.
.
Copyright (c) 2022 Indra Sukma Putra Alisukma
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
Veterinary Medicine Journal by Unair is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
1. The Journal allows the author to hold the copyright of the article without restrictions.
2. The Journal allows the author(s) to retain publishing rights without restrictions
3. The legal formal aspect of journal publication accessibility refers to Creative Commons Attribution Share-Alike (CC BY-SA).
11.jpg)
11.png)
