STUDI BIOINFORMASI URUTAN ASAM AMINO DAN STRUKTUR 3D PROTEIN ALDOLASE KELAS II (AldII) DARI Uncultured Acidilobus sp.
Downloads
Pada penelitian sebelumnya fragmen gen 1,9 kb telah berhasil diisolasi dari Kawah Domas, Jawa Barat melalui pendekatan metagenom. Fragmen tersebut diketahui mengandung daerah Open Reading Frame (ORF) utuh dari gen pengkode aldolase kelas II dari uncultured Acidilobus sp. yang kemudian disebut sebagai aldII. Fragmen gen aldII tersebut berhasil diekspresikan menjadi protein termostabil aldolase kelas II yang kemudian disebut sebagai AldII. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan studi bioinformasi terhadap protein AldII tersebut. Protein AldII kemudian diketahui memiliki massa molekul ~21,2 kDa dengan rumus molekul C940H1539N261O281S8. Total residu bermuatan negatif (Asp + Glu) sebanyak 22 residu, sedangkan total residu bermuatan positif (Arg + Lys) adalah 18 residu. Nilai pI teoritis AldII sebesar 5,86. Hasil perhitungan indeks kestabilan protein ini adalah 36,61 dan diklasifikasikan sebagai protein yang stabil. Lewat penjajaran dengan homologi terdekat, ditemukan daerah lestari yang dapat menunjukan residu yang mungkin berperan dalam pengikatan logam dan sisi aktif. Prediksi struktur 3D dilakukan secara ab initio, menunjukan adanya 6 struktur β-sheet dan 6 struktur α-heliks. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa protein AldII dari uncultured Acidilobus sp. diduga memiliki aktivitas enzimatik.
Basen, M., Sun, J. dan Anne, M. W. W. A. (2012): Engineering a Hyperthermophilic Archaeon for Temperature-Dependent Product Formation, mBio, 3, 1-8.
Suharti, Meray N. W., Nurbaiti S., Akhmaloka (2015) : Cloning and Expression of A Novel Gene Encoded Thermostable Archaeal Aldolase Class II from Natural Sample, Bioscience Biotechnology Research Asia, 12 (2), 1023-1029.
Wang, Q., Chen, R., Du, P., Wu, H., Pei, X., Yang, B., Yang, L., Huang, L., Liu, J. dan Xie, T. (2010): Cloning and Characterization of Thermostable-deoxy-D-ribose-5-phosphate Aldolase from Hyperthermus butylicus, African Journal of Biotechnology, 9, 2898-2905.
Guruprasad, K., Reddy, B.V.B. and Pandit, M.W. (1990): Correlation Between Stability of a Protein and its Dipeptide Composition: A Novel Approach for Predicting In Vivo Stability of a Protein from its Primary Sequence. Protein Eng. 4,155-161.
Berry, A. dan Marshall, K. E., (1993): Identification of Zinc-Binding Ligands In The Class II Fructose-1,6-Bisphosphate Aldolase of Escherichia coli, Federation of European Biochemical Socteties, 318, 11-16.
Siebers, B., Brinkmann, H., Dorr, C., Tjaden, B., Lilie, H., Oost, J. dan Verhees, C. H., (2001): Archaeal Fructose-1,6-bisphosphate Aldolases Constitute a New Family of Archaeal Type Class I Aldolase, The Journal of Biological Chemistry, 276, 28710 –28718.
Copyright (c) 2021 Jurnal Kimia Riset
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
COPYRIGHT NOTICE
1. By submitting the article to Jurnal Kimia Riset (JKR), the author has agreed to transfer some of the copyrights to the publisher of the research chemistry journal, Universitas Airlangga, indicated in the Copyright Transfer Agreement.
2. Authors still retain significant rights to use and share their own published articles for non-commercial purposes subject to Creative Commons Attribution-NonComercial 4.0 International License
3. All publications (printed/electronic) are open access for educational purposes, research, library, and other non-commercial purposes. Besides the purposes mentioned above, the editorial board is not responsible for copyright violations.
